但实际上，GAP认证在推行过程中被严重打折。“GAP的要求很高，涉及条款严格，企业要投入很大的人力物力来达到标准，但种出来的产品，成本价过高，导致在市场上缺乏竞争力。

    中药材种植与生产环节存在多头管理、分散经营等现象，这导致中药材质量参差不齐，GAP认证因为并未全部普及而导致作用有限。2014年，国家药监局开展了一场针对中药材和饮片的抽检行动，抽取蒲黄、柴胡等10个品种772批样品，经检验发现93批不符合标准规定，染色、增重、掺伪、掺杂等问题仍然比较突出。

    业内人士认为，虽说中药材GAP认证存在较多不足，如投入过高而产生效益过低，认证企业前期正规而后期管理则荒废，认证变成上市企业的宣传噱头而不是实实在在的货源保障等等，但也不能否认作用：“通过这么多年的坚持，以及国家依法治国与监管趋紧、品牌立企与合规经营的要求，中药工业企业均开始重视适合自身的’三化’(规范化、规模化和产业化)基地建设。这也是我们愿意看到的变化。”